La organización de la investigación científica, su planificación económica y la comercialización de sus resultados son proporcionados por las siguientes entidades de la Universidad:
- El Departamento de actividad institucional y científica presta apoyo informativo, analítico y organizativo al desarrollo de las actividades científicas de la Universidad. Las partes del departamento son:
- departamento de organización;
- división de desarrollo de la actividad científica de estudiantes y científicos jóvenes;
- departamento de tribunales de tesis;
- Departamento de publicaciones científicas periódicas
- Parque industrial "Politécnico", que incluye:
- división de propiedad intelectual;
- incubadora de empresas "Politécnica";
- centro de creatividad técnica para los jóvenes (Fablab-Polytech);
- Departamento de control y acompañamiento de I + D, que incluye:
- departamento de participación en concursos de becas para financiar las actividades de I + D;
- departamento de supervisión de las actividades de I + D;
- Departamento de exposiciones
La estructura de la parte científica también incluye varios grandes laboratorios y centros científicos que realizan investigaciones complejas. El más importante de ellos es el Instituto Científico y Tecnológico Unido (ICTU), es un nuevo formato para organizar la investigación científica, la innovación y las actividades de investigación y producción. El objetivo principal del ICTU es acelerar la salida al mercado de los productos del trabajo de los científicos y los especialistas de la Universidad.
El Departamento financiero y económico de I+D lleva a cabo la planificación y el apoyo económico de I+D, incluso la planificación operativa, la contabilidad financiera y estadística, el control de presupuestos, de ingresos y gastos de contratos y proyectos científicos.
La Universidad participa activamente en los concursos de realización de los Decretos del Gobierno de la Federación de Rusia del 09.04.2010 (las "mega subvenciones" del Ministerio de Educación y Ciencia de la Federación de Rusia):
• Decreto 218 (organización de producción de alta tecnología):
- junto con "Corporación coheteril y espacial "Energía" en el proyecto "Creación de producción de alta tecnología de módulos funcionales con alto nivel de integración para sistemas robóticos para fines espaciales, así como para el uso especial y civil general", el presupuesto total de 300 millones de rublos (el proyecto está terminado);
- junto con "Dispositivos semiconductores" en el proyecto "Desarrollo y producción en serie de complejos de alta tecnología para diagnóstico, prevención y tratamiento del cáncer con terapia fotodinámica", el presupuesto total de 20,1 millones de rublos (el proyecto está terminado);
- junto con "IBS Ekspertiza" en el proyecto "Creación del análogo ruso del software para gestión centralizada de dispositivos personales móviles y plataformas en redes corporativas", el presupuesto total de 285 millones de rublos;
- junto con "Dispositivos semiconductores" en el proyecto "Desarrollo y organización de producción de un complejo de láser de diagnóstico médico dental", el presupuesto total de 28,8 millones de rublos;
- junto con "Zvezdá" en el proyecto "Desarrollo de tecnología para el diseño de culatas de cilindros para motores diesel de alta velocidad y pistones a gas de nueva generación", el presupuesto total de 114 millones de rublos.
Decreto 220 (establecimiento de laboratorios de científicos principales):
- Laboratorio "Astrofísica de objetos con liberación extrema de energía" bajo la dirección del científico principal, G.G. Pávlov, profesor de la Universidad Estatal de Pensilvania (Estados Unidos). El proyecto fue terminado en 2012;
- laboratorio científico de "física de retención mejorada del plasma en tokamak" bajo la dirección del científico principal, F. Wagner, director de honor del Instituto Max Planck de Física del Plasma (Alemania). El proyecto fue terminado en 2012;
- laboratorio de neurodegeneración molecular (el trabajo empezó en 2011, con prolongación en 2014) bajo la dirección del científico principal, I.B.Besprozvanny, profesor del Centro médico sudoccidental de la Universidad de Texas (EE. UU.);
- laboratorio científico de microbiología molecular (los trabajos comenzaron en 2013) bajo la dirección del científico principal, K.V. Severínov, jefe del laboratorio del Instituto de Genética Molecular de la Academia de Ciencias de Rusia, profesor de la Universidad de Rutgers (EE. UU.);
- laboratorio de materiales y estructuras ligeras (los trabajos comenzaron en 2014) bajo la supervisión del científico V.G. Mijáilov, director del Centro de investigación de materiales ligeros de la Universidad Técnica de Brandenburgo, Alemania.
En el marco de la actividad científica el personal de la Universidad colabora activamente con las empresas grandes, las organizaciones e instituciones líderes de respectivos sectores: "Power Machines", "Kírovski Zavod", Fábrica de Construcción de Maquinaria "Arsenal", "Proletárski Zavod", Astilleros "Admiraltéiskie verfi", "Baltiyski Zavod", "Sévernaya Verf", "Centro tecnológico de construcción y la reparación de buques", "LOMO", "Zvezdá", "Klímov", "Severstal", TsNIIMash, TSNIITOCHMASH, y muchos otros, así como muchos institutos centrales de investigación y construcción de maquinaria (CI de materiales de construcción "Prometheus", Centro de diseño de ingeniería naval "Rubín", Centro de diseño de ingeniería, Centro de diseño de maquinaria especial, Centro de investigación "Electropribor") y otros.
Durante los últimos años (2014-2016), los líderes mundiales de la industria han colaborado con la SPbPU en el campo de la investigación y el desarollo, entre ellos son: Boeing, Ford Motor Company, LG Electronics, DESY (Alemania), EMC International Company (Reino Unido), FMC Technologies (Noruega), Huawei (China), KITECH (Corea), Universidad Politécnica de Lappeenranta (Finlandia), Universidad Noruega de Ciencia y Tecnología (Noruega), Philips Healthcare (Países Bajos).